Creo recordar que en algún momento he recomendado la lectura del blog de Nasser Heidari. Recientemente ha publicado un post en el que indica como desactivar/eliminar el molesto pitido del speaker del PC. Es realmente sencillo, bastante con "cargarse" el módulo pcspkr.ko y listo.
[root@localhost] rmmod -v pcspkr.ko
Si añadimos al fichero /etc/modprobe.d/blacklist una entrada como esta, todo solucionado.
[root@localhost] echo "blacklist pcspkr" >> /etc/modprobe.d/blacklist